Способы идентификации первичных амфифильных структур
Страница 3

Материалы » Принципы структурной организации мембранных белков » Способы идентификации первичных амфифильных структур

Отметим, что алгоритмы, используемые для выявления а-спиральных структур в растворимых глобулярных белках, например алгоритм Чоу–Фасмана, непригодны для обнаружения трансмембранных элементов. Эти алгоритмы неприменимы для описания структуры неглобулярных участков, какими являются сегменты, расположенные внутри бислоя.

Алгоритмы, предназначенные для идентификации трансмембранных участков, нельзя использовать в случае сегментов, являющихся вторичными амфифильными структурами или пересекающих мембрану в виде /3-слоя. В первом случае этот участок исключается из рассмотрения из-за наличия в нем полярных остатков, а во втором трансмембранный сегмент оказывается слишком коротким, поскольку для пересечения бислоя необходимо лишь 10–12 аминокислотных остатков в составе /3-структуры. Некоторые алгоритмы предназначались скорее для выявления ^-поворотов, а не самих трансмембранных элементов. Хотя это позволяет избежать некоторых проблем, связанных с выделением различных классов трансмембранных элементов, неясно, насколько приемлемыми они окажутся при более широком их применении.

Страницы: 1 2 3 


Интересное на сайте:

Лама
Лама - Lama glama - отличается от альпаки большим размером и более удлиненной головой. Мех ламы пользуется спросом из-за своей пушистости. Разводят их в высокогорном поясе Южной Америки (Анды). Они были, по-видимому, одомашнены задолго д ...

Бонитировка угодий Благовещенского района по косуле
Итак, мы охарактеризовали кормовые и защитно-гнездовые условия охотничьих угодий Благовещенского района. Теперь на наш взгляд целесообразно будет оценить типы угодий одним из трех бонитетов: I, III или V. Хорошие угодья (I бонитета) – уг ...

Движение вещества и энергии в экосистеме
Деятельность живых существ в биосфере сопровождается потреблением из среды их обитания больших количеств разнообразных органических и неорганических веществ. После отмирания организмов и последующей минерализации их органических остатков, ...