Способы идентификации первичных амфифильных структур
Страница 3

Материалы » Принципы структурной организации мембранных белков » Способы идентификации первичных амфифильных структур

Отметим, что алгоритмы, используемые для выявления а-спиральных структур в растворимых глобулярных белках, например алгоритм Чоу–Фасмана, непригодны для обнаружения трансмембранных элементов. Эти алгоритмы неприменимы для описания структуры неглобулярных участков, какими являются сегменты, расположенные внутри бислоя.

Алгоритмы, предназначенные для идентификации трансмембранных участков, нельзя использовать в случае сегментов, являющихся вторичными амфифильными структурами или пересекающих мембрану в виде /3-слоя. В первом случае этот участок исключается из рассмотрения из-за наличия в нем полярных остатков, а во втором трансмембранный сегмент оказывается слишком коротким, поскольку для пересечения бислоя необходимо лишь 10–12 аминокислотных остатков в составе /3-структуры. Некоторые алгоритмы предназначались скорее для выявления ^-поворотов, а не самих трансмембранных элементов. Хотя это позволяет избежать некоторых проблем, связанных с выделением различных классов трансмембранных элементов, неясно, насколько приемлемыми они окажутся при более широком их применении.

Страницы: 1 2 3 


Интересное на сайте:

Викунья
Вику́нья (лат. Vicugna vicugna) — животное из семейства верблюдовых, единственный представитель рода Vicugna. Внешне викунья напоминает гуанако, но меньше размерами и более стройна. Длина викуньи составляет 150 см, рост в плечах око ...

Деструкционные блоки в экосистемах
Одна из важнейших биогеохимических функций на Земле - деструкционная . Она заключается в разложении создаваемой биологической продукции и возвращении биогенных элементов в окружающую среду. В осуществление этого процесса включено огромное ...

Сердце как часы. Память сердца
Много написано насчет так называемых «биологических часов». Действительно, в организме много циклических процессов, которые могут служить для более или менее точного измерения времени. Однако, насколько нам известно, никто не обратил вним ...