Способы идентификации первичных амфифильных структур
Страница 3

Материалы » Принципы структурной организации мембранных белков » Способы идентификации первичных амфифильных структур

Отметим, что алгоритмы, используемые для выявления а-спиральных структур в растворимых глобулярных белках, например алгоритм Чоу–Фасмана, непригодны для обнаружения трансмембранных элементов. Эти алгоритмы неприменимы для описания структуры неглобулярных участков, какими являются сегменты, расположенные внутри бислоя.

Алгоритмы, предназначенные для идентификации трансмембранных участков, нельзя использовать в случае сегментов, являющихся вторичными амфифильными структурами или пересекающих мембрану в виде /3-слоя. В первом случае этот участок исключается из рассмотрения из-за наличия в нем полярных остатков, а во втором трансмембранный сегмент оказывается слишком коротким, поскольку для пересечения бислоя необходимо лишь 10–12 аминокислотных остатков в составе /3-структуры. Некоторые алгоритмы предназначались скорее для выявления ^-поворотов, а не самих трансмембранных элементов. Хотя это позволяет избежать некоторых проблем, связанных с выделением различных классов трансмембранных элементов, неясно, насколько приемлемыми они окажутся при более широком их применении.

Страницы: 1 2 3 


Интересное на сайте:

Род викуньи
Род Викуньи - Vicugna - объединяют самых мелких из четырех безгорбых "верблюдов", которые живут разделенными стадами: старые самцы с десятком самок, молодые самцы — своей компанией. У каждого стада — охраняемая вожаком территори ...

Подвиды Homo erectus. Питекантроп
Питекантроп (от греч. РЯизкпт – «обезьяна» и ἄнисщрпт – «человек», «яванский человек») – ископаемый подвид людей, некогда рассматриваемый как промежуточное звено эволюции между австралопитеками и неандертальцами. В настоящее время п ...

Тип Губки (Spongia, или Porifera)
Экология и биология. Губки – типичные пассивно-ядовитые животные, использующие для защиты от врагов свои токсические метаболиты. Ядовитость губок наряду с обладанием жестким скелетом, делающим их малосъедобными, обеспечило сохранение этой ...