Способы идентификации первичных амфифильных структур
Страница 3

Материалы » Принципы структурной организации мембранных белков » Способы идентификации первичных амфифильных структур

Отметим, что алгоритмы, используемые для выявления а-спиральных структур в растворимых глобулярных белках, например алгоритм Чоу–Фасмана, непригодны для обнаружения трансмембранных элементов. Эти алгоритмы неприменимы для описания структуры неглобулярных участков, какими являются сегменты, расположенные внутри бислоя.

Алгоритмы, предназначенные для идентификации трансмембранных участков, нельзя использовать в случае сегментов, являющихся вторичными амфифильными структурами или пересекающих мембрану в виде /3-слоя. В первом случае этот участок исключается из рассмотрения из-за наличия в нем полярных остатков, а во втором трансмембранный сегмент оказывается слишком коротким, поскольку для пересечения бислоя необходимо лишь 10–12 аминокислотных остатков в составе /3-структуры. Некоторые алгоритмы предназначались скорее для выявления ^-поворотов, а не самих трансмембранных элементов. Хотя это позволяет избежать некоторых проблем, связанных с выделением различных классов трансмембранных элементов, неясно, насколько приемлемыми они окажутся при более широком их применении.

Страницы: 1 2 3 


Интересное на сайте:

Теория творения. Креационизм
Взгляды, основанные на том, что человека создал Бог или боги, возникли гораздо ранее, чем материалистические теории самозарождения жизни и эволюции обезьяны в человека. В разных философских, теологических учениях древности акт творения че ...

Превращения веществ и поток энергии в биогеоценозе
Рассматриваемый биогеоценз, как и другие, подчиняется двум фундаментальным законам природы: первому и второму законам термодинамики: Первый закон термодинамики – энергия не исчезает и не появляется. Она переходит из одной формы в другу ...

Развитие климатологии. Климатология древнего мира
Еще на заре своего существования человек пытался разобраться в окружающих явлениях природы, которые часто были ему непонятны и враждебны. Жалкие хижины плохо защищали его от непогоды, посевы его страдали от засухи или от слишком сильных д ...