Способы идентификации первичных амфифильных структур
Страница 3

Материалы » Принципы структурной организации мембранных белков » Способы идентификации первичных амфифильных структур

Отметим, что алгоритмы, используемые для выявления а-спиральных структур в растворимых глобулярных белках, например алгоритм Чоу–Фасмана, непригодны для обнаружения трансмембранных элементов. Эти алгоритмы неприменимы для описания структуры неглобулярных участков, какими являются сегменты, расположенные внутри бислоя.

Алгоритмы, предназначенные для идентификации трансмембранных участков, нельзя использовать в случае сегментов, являющихся вторичными амфифильными структурами или пересекающих мембрану в виде /3-слоя. В первом случае этот участок исключается из рассмотрения из-за наличия в нем полярных остатков, а во втором трансмембранный сегмент оказывается слишком коротким, поскольку для пересечения бислоя необходимо лишь 10–12 аминокислотных остатков в составе /3-структуры. Некоторые алгоритмы предназначались скорее для выявления ^-поворотов, а не самих трансмембранных элементов. Хотя это позволяет избежать некоторых проблем, связанных с выделением различных классов трансмембранных элементов, неясно, насколько приемлемыми они окажутся при более широком их применении.

Страницы: 1 2 3 


Интересное на сайте:

Приложения
Приложение 1 Видовое разнообразие эвкалипта · Juniperus ashei J.Buchholz — Можжевельник мексиканский · Juniperus barbadensis L. — Можжевельник барбадосский · Juniperus bermudiana L. — Можжевельник бермудский · Juniperus blancoi Marti ...

Класс десмофициевые desmophyceae
Представителем может служить преимущественно морской род пророцентрум, иногда размножающийся столь обильно, что вызывает цветение прибрежных вод. Клетки более или менее овальные, с боков несколько уплощенные, лишены ложбинок или бороздок. ...

Транспорт липидов у прокариот
Остановимся вначале на переносе фосфолипидов в случае грамотрицательных бактерий. Это относительно простая система, поскольку в ней имеются только две мембраны. Фосфолипиды синтезируются в плазматической мембране и должны транспортировать ...